Где-то в глубоком вакууме, среди бесконечного холода, дрейфует огромный обломок былой цивилизации — ковчег «Сидония», ставший последним пристанищем для остатков человечества. Здесь всё странно, от фотосинтеза людей до гендерных новшеств, но к этому привыкаешь быстро, потому что за стенами корабля рыщут Гауна. Эти бесформенные, почти неуязвимые твари не знают жалости, и каждая встреча с ними превращается в кровавую баню. Жизнь внутри хрупкая, зажатая в металлические коридоры и жесткую иерархию, где каждый вылет пилотов может стать последним.
В центре всего этого оказывается парень из низов, буквально вылезший из заброшенных уровней в поисках еды. На него смотрят косо, но именно ему предстоит сесть в кабину легендарного «Цугумори». Бои выглядят дергано, грязно, с этим специфическим ощущением инерции в космосе, когда маневры на огромных скоростях буквально ломают кости пилотам. Тут нет пафоса ради пафоса, только тяжелое дыхание в шлемофоне и осознание, что человечество висит на волоске.
Атмосфера давит своей стерильностью и одновременной зачуханностью старого корабля. Отношения между героями строятся на фоне постоянной угрозы — то ли любви, то ли простого желания не сдохнуть в одиночестве в пустом пространстве. Сюжет постоянно подкидывает вопросы о том, во что превратились люди ради выживания и стоит ли такая жизнь уплаченной цены, пока очередная Гауна тянет свои щупальца к обшивке жилых секторов.